مهم‌ترین تفاوت القاعده با سایر سازمان‌های بنیادگرای اسلامی تکیه عمده آن‌ها بر جهاد، عملیات نظامی و اولویت دادن به مسایل نظامی است نه سیاسی در همة جهان. جهاد به عنوان تکلیف یک مسلمان اعلام شده است، که آزادسازی فلسطین و بیرون راندن قوای خارجی از شبه جزیرة عربی را نیز در بر می‌گیرد.

امیر طاهری در الشرق‌الاوسط می‌نویسد:«در نوامبر 2000، در یمن با تعداد زیادی از فعالان القاعده دیدار کردم. اکنون ما به تازگی متوجه شدیم که هسته‌های القاعده در بیشتر از 10 کشور مسلمان از اندونزی و مالزی گرفته تا مغرب و تونس به صورتی کاملاً‌ باز، بدون این که کسی آن‌ها را تحت پیگرد قرار دهد، فعالیت می‌کردند».

محبوبیت بن‌لادن نزد داوطلبین به حدی بود که سازمان اطلاعات پاکستان به او پیشنهاد رهبری گروه نظامی سعودی را داد. البته ژنرال حمید گل رئیس استخبارات پاکستان (I.S.I) ترجیح می‌داد که این مسئولیت را یک شاهزاده سعودی به عهده گیرد. ولی اعضای خانواده سلطنتی هیچ علاقه نداشتند در موقعیت خطرناک قرار بگیرند.

وی به طراح بودن و برنامه‌ریزی برای چندین عملیات نظامی که در عربستان سعودی صورت گرفته، متهم بود. او هم‌چنین در لیست افراد تحت تعقیب که از سوی مقامات امنیتی عربستان منتشر شد، قرار داشت و شماره دو این لیست را به خود اختصاص داده بود. گفته می‌شود وی مرد شماره یک القاعده در عربستان بود.

در حقیقت زمانی که من به پاکستان رفته بودم، اصلاً من کسی را از گروه‌های ایرانی نمی‌شناختم. البته عبدالمالک و رفیقان او را می‌شناختم؛ چون قبلاً در فاروقه با هم درس می‌خواندیم، ولی از گروه آن‌ها که به اصطلاح گروه جندالله است، خبر نداشتم. از گروه فرقان هم هیچ اطلاعی نداشتم. زمانی که به حوزه رفتم و مشکلات مالی هم داشتم و البته اکثر طلبه‌ها هم در آنجا مشکلات مالی برایشان وجود دارد، این‌ها از نقطه ضعف‌های طلبه‌ها سوء‌استفاده می‌کردند و سعی می‌کردند از نقطه ضعف‌ طلبه‌ها استفاده کنند و آن‌ها را علیه جمهوری حکومت اسلامی ایران تحریک کنند با این شعار که از حقوق اهل سنت دفاع کنند و آن‌ها را به فعالیت‌های تبلیغاتی و مسلحانه در داخل ایران علیه حکومت بکشانند.